W błonach śluzowych jelit znajduje się większość komórek układu odpornościowego. Tkanka limfatyczna związana z błonami śluzowymi przewodu pokarmowego zawiera ponad 70 % limfocytów całego organizmu i tworzy system odpornościowy GALT z angielskiego gut associated lymphoid tissue. System ten składa się ze zorganizowanych kompleksów komórkowych kępek Peyera. System GALT jest odpowiedzialny za produkcję przeciwciał w klasie A (IgA). Immunoglobuliny typu A (IgA), nazywane wydzielniczymi, odpowiadają przede wszystkim za ochronę błon śluzowych. W organizmie jest ich najwięcej i dzielą się na dwa typy IgA1 i IgA2. A (IgA) reagują z szerokim spektrum antygenów zewnętrznych, przez co uniemożliwiają patogenom i alergenom penetrację przez śluzówki do wnętrza organizmu. Wydzielnicze przeciwciała A (IgA) pokrywające nabłonki stanowią więc pierwszą linię obrony przed szkodliwymi czynnikami. Dzięki zdolności wiązania i łączenia przeciwciał dochodzi do procesów, które umożliwiają zniszczenie zagrożenia. Immunoglobuliny typu A (IgA) stanowią największą grupę przeciwciał wydzielanych przez organizm. Produkcja IgA jest podstawowym i najważniejszym mechanizmem odpornościowym zachodzącym w błonach śluzowych.
W rozwoju systemu GALT podstawowe znaczenie mają bakterie jelitowe, zasiedlające przewód pokarmowy. Bakterie jelitowe są pierwszym antygenem zewnętrznym, aktywującym odporność po narodzeniu. Układ odpornościowy noworodka, pomimo wykształcenia się organów limfatycznych, jest niedojrzały i „dziewiczy”, a limfocyty określane są jako komórki „naiwne”, tzn. pozbawione wcześniejszego kontaktu z antygenami zewnętrznymi. Dopiero po 2 roku życia mikroflora jelitowa jest ukształtowana podobnie jak u osoby dorosłej choć w przypadkach hyperergi układ odpornościowy w dalszym ciągu może być niedojrzały i “dziewiczy” stąd występujące reakcje alergiczne. Podstawowym zadaniem immunoglobuliny typu E jest ochrona organizmu przed chorobami wywołanymi przez pasożyty. Aby nie doszło do wystąpienia i rozwoju stanu zapalnego IgE pobudzają bazofile i eozynofile (elementy białych krwinek) do zwiększonego wydzielania histaminy. Związek ten nie tylko przyśpiesza reakcję immunologiczną organizmu, ale łączy się z niektórymi alergenami i wywołuje reakcję uczuleniową.
W podobny sposób zachowują się przeciwciała IgE. Przy pierwszym kontakcie z alergenem łączą się z nim. Przy ich ponownym zetknięciu “wyrzucają” wcześniej zgromadzoną substancję z komórki i uruchamiają silną reakcję uczuleniową. Dlatego oznaczenie tych przeciwciał ma szczególne znaczenie przy diagnozowaniu alergii przede wszystkim wtedy, gdy z różnych przyczyn nie można wykonać testów punktowych. Niewłaściwe stężenie immunoglobulin najczęściej ma związek z zaburzeniem pracy układu chłonnego. W przypadku IgE poziom przeciwciała nie powinien przekraczać 0,0003 g/l. Jeśli jest go za dużo można podejrzewać choroby alergiczne (astma oskrzelowa, katar sienny, azs).